MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydophila felis Fe/C-56 plasmid pCfe1

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007900	GGT	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007900	GGT	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007900	GGT	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898814
4	NC_007900	GGT	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898814
5	NC_007900	A	6	6	98	103	100 %	0 %	0 %	0 %	89898814
6	NC_007900	GCT	2	6	204	209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89898814
7	NC_007900	AGAA	2	8	243	250	75 %	0 %	25 %	0 %	89898814
8	NC_007900	TAA	2	6	281	286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898814
9	NC_007900	AGTTT	2	10	315	324	20 %	60 %	20 %	0 %	89898814
10	NC_007900	TA	3	6	426	431	50 %	50 %	0 %	0 %	89898814
11	NC_007900	TAT	2	6	467	472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898814
12	NC_007900	TGT	2	6	568	573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898814
13	NC_007900	T	6	6	573	578	0 %	100 %	0 %	0 %	89898814
14	NC_007900	TAA	2	6	625	630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898814
15	NC_007900	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	89898814
16	NC_007900	AGG	2	6	739	744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	89898814
17	NC_007900	ACA	2	6	833	838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898814
18	NC_007900	TTA	2	6	857	862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898814
19	NC_007900	A	7	7	948	954	100 %	0 %	0 %	0 %	89898814
20	NC_007900	AAT	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898814
21	NC_007900	TTGT	2	8	989	996	0 %	75 %	25 %	0 %	89898814
22	NC_007900	T	6	6	1172	1177	0 %	100 %	0 %	0 %	89898815
23	NC_007900	AT	3	6	1214	1219	50 %	50 %	0 %	0 %	89898815
24	NC_007900	GAA	3	9	1227	1235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898815
25	NC_007900	AAC	2	6	1267	1272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898815
26	NC_007900	T	7	7	1276	1282	0 %	100 %	0 %	0 %	89898815
27	NC_007900	GTT	2	6	1375	1380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898815
28	NC_007900	TTG	2	6	1463	1468	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898815
29	NC_007900	GTA	2	6	1557	1562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898815
30	NC_007900	A	6	6	1653	1658	100 %	0 %	0 %	0 %	89898815
31	NC_007900	TGA	2	6	1734	1739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898815
32	NC_007900	AT	3	6	1798	1803	50 %	50 %	0 %	0 %	89898815
33	NC_007900	GCAC	2	8	1812	1819	25 %	0 %	25 %	50 %	89898815
34	NC_007900	TCT	2	6	1851	1856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	89898815
35	NC_007900	TGT	2	6	1885	1890	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898815
36	NC_007900	TTCT	2	8	1942	1949	0 %	75 %	0 %	25 %	89898815
37	NC_007900	CATT	2	8	2058	2065	25 %	50 %	0 %	25 %	89898815
38	NC_007900	AGAA	2	8	2072	2079	75 %	0 %	25 %	0 %	89898815
39	NC_007900	GT	3	6	2087	2092	0 %	50 %	50 %	0 %	89898815
40	NC_007900	ACTTT	2	10	2109	2118	20 %	60 %	0 %	20 %	89898815
41	NC_007900	ATT	2	6	2201	2206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007900	ATG	2	6	2268	2273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898816
43	NC_007900	GAA	3	9	2283	2291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898816
44	NC_007900	T	6	6	2313	2318	0 %	100 %	0 %	0 %	89898816
45	NC_007900	TGT	2	6	2360	2365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898816
46	NC_007900	CAT	2	6	2382	2387	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89898816
47	NC_007900	AG	3	6	2396	2401	50 %	0 %	50 %	0 %	89898816
48	NC_007900	AT	3	6	2410	2415	50 %	50 %	0 %	0 %	89898816
49	NC_007900	TTC	2	6	2416	2421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	89898816
50	NC_007900	AT	3	6	2431	2436	50 %	50 %	0 %	0 %	89898816
51	NC_007900	AC	3	6	2438	2443	50 %	0 %	0 %	50 %	89898816
52	NC_007900	AGA	2	6	2487	2492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898816
53	NC_007900	ACC	2	6	2566	2571	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	89898816
54	NC_007900	TAA	2	6	2600	2605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898816
55	NC_007900	TCT	2	6	2606	2611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	89898816
56	NC_007900	A	7	7	2718	2724	100 %	0 %	0 %	0 %	89898816
57	NC_007900	AAG	2	6	2735	2740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898816
58	NC_007900	A	6	6	2741	2746	100 %	0 %	0 %	0 %	89898816
59	NC_007900	T	6	6	2770	2775	0 %	100 %	0 %	0 %	89898816
60	NC_007900	GAC	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89898816
61	NC_007900	ATTAT	2	10	2904	2913	40 %	60 %	0 %	0 %	89898816
62	NC_007900	GTT	3	9	2928	2936	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898816
63	NC_007900	TTTCA	2	10	3020	3029	20 %	60 %	0 %	20 %	89898816
64	NC_007900	TAT	2	6	3127	3132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898816
65	NC_007900	A	6	6	3161	3166	100 %	0 %	0 %	0 %	89898816
66	NC_007900	T	6	6	3174	3179	0 %	100 %	0 %	0 %	89898816
67	NC_007900	ATA	2	6	3187	3192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898816
68	NC_007900	AAAG	2	8	3237	3244	75 %	0 %	25 %	0 %	89898816
69	NC_007900	CAA	2	6	3293	3298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898816
70	NC_007900	A	6	6	3297	3302	100 %	0 %	0 %	0 %	89898816
71	NC_007900	TGT	2	6	3377	3382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898816
72	NC_007900	AGA	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898816
73	NC_007900	ATT	3	9	3508	3516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898816
74	NC_007900	A	6	6	3557	3562	100 %	0 %	0 %	0 %	89898816
75	NC_007900	TTC	2	6	3602	3607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	89898816
76	NC_007900	AGAA	2	8	3628	3635	75 %	0 %	25 %	0 %	89898816
77	NC_007900	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898817
78	NC_007900	AGA	2	6	3718	3723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898817
79	NC_007900	ATT	2	6	3733	3738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898817
80	NC_007900	TGC	2	6	3811	3816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89898817
81	NC_007900	GAA	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898817
82	NC_007900	GGA	2	6	3998	4003	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	89898817
83	NC_007900	AAG	2	6	4005	4010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898817
84	NC_007900	AGT	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898817
85	NC_007900	GAA	2	6	4190	4195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898817
86	NC_007900	A	6	6	4217	4222	100 %	0 %	0 %	0 %	89898817
87	NC_007900	TCA	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89898817
88	NC_007900	GATTG	2	10	4361	4370	20 %	40 %	40 %	0 %	89898817
89	NC_007900	A	7	7	4388	4394	100 %	0 %	0 %	0 %	89898817
90	NC_007900	AAATAG	2	12	4428	4439	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	89898817
91	NC_007900	GAAT	2	8	4467	4474	50 %	25 %	25 %	0 %	89898817
92	NC_007900	AT	3	6	4477	4482	50 %	50 %	0 %	0 %	89898817
93	NC_007900	A	7	7	4499	4505	100 %	0 %	0 %	0 %	89898817
94	NC_007900	TAG	2	6	4519	4524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898817
95	NC_007900	A	6	6	4595	4600	100 %	0 %	0 %	0 %	89898817
96	NC_007900	TAAA	2	8	4614	4621	75 %	25 %	0 %	0 %	89898817
97	NC_007900	CAA	2	6	4631	4636	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898817
98	NC_007900	CAA	2	6	4641	4646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898817
99	NC_007900	ACA	2	6	4664	4669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898817
100	NC_007900	AAC	2	6	4670	4675	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898817
101	NC_007900	AATT	2	8	4676	4683	50 %	50 %	0 %	0 %	89898817
102	NC_007900	A	9	9	4694	4702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007900	AC	3	6	4764	4769	50 %	0 %	0 %	50 %	89898818
104	NC_007900	ATA	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898818
105	NC_007900	AAG	2	6	4884	4889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898818
106	NC_007900	AAG	2	6	4989	4994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898818
107	NC_007900	TGAT	2	8	4998	5005	25 %	50 %	25 %	0 %	89898818
108	NC_007900	A	6	6	5014	5019	100 %	0 %	0 %	0 %	89898818
109	NC_007900	TAG	2	6	5026	5031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898818
110	NC_007900	TGATA	2	10	5050	5059	40 %	40 %	20 %	0 %	89898818
111	NC_007900	A	6	6	5083	5088	100 %	0 %	0 %	0 %	89898818
112	NC_007900	A	6	6	5115	5120	100 %	0 %	0 %	0 %	89898818
113	NC_007900	CAG	2	6	5232	5237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89898818
114	NC_007900	GGAA	2	8	5257	5264	50 %	0 %	50 %	0 %	89898818
115	NC_007900	GTC	2	6	5267	5272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89898818
116	NC_007900	TGG	2	6	5410	5415	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898818
117	NC_007900	GTG	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898818
118	NC_007900	AAC	3	9	5473	5481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898818
119	NC_007900	AT	3	6	5490	5495	50 %	50 %	0 %	0 %	89898818
120	NC_007900	ACA	2	6	5512	5517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898818
121	NC_007900	ATA	2	6	5527	5532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898818
122	NC_007900	TAAAT	2	10	5547	5556	60 %	40 %	0 %	0 %	89898819
123	NC_007900	T	6	6	5560	5565	0 %	100 %	0 %	0 %	89898819
124	NC_007900	TTTC	2	8	5575	5582	0 %	75 %	0 %	25 %	89898819
125	NC_007900	A	7	7	5594	5600	100 %	0 %	0 %	0 %	89898819
126	NC_007900	GA	3	6	5618	5623	50 %	0 %	50 %	0 %	89898819
127	NC_007900	TTA	2	6	5657	5662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898819
128	NC_007900	AAAGA	2	10	5722	5731	80 %	0 %	20 %	0 %	89898819
129	NC_007900	ATA	2	6	5839	5844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898819
130	NC_007900	CAA	2	6	5859	5864	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898819
131	NC_007900	A	6	6	5875	5880	100 %	0 %	0 %	0 %	89898819
132	NC_007900	AAC	2	6	6009	6014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89898820
133	NC_007900	GTA	2	6	6032	6037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898820
134	NC_007900	GAA	2	6	6127	6132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898820
135	NC_007900	ATC	2	6	6211	6216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89898820
136	NC_007900	TCT	2	6	6220	6225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	89898820
137	NC_007900	TGG	2	6	6230	6235	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898820
138	NC_007900	TAAA	2	8	6251	6258	75 %	25 %	0 %	0 %	89898820
139	NC_007900	AT	3	6	6320	6325	50 %	50 %	0 %	0 %	89898820
140	NC_007900	CCA	2	6	6340	6345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	89898820
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142	NC_007900	GAAA	2	8	6511	6518	75 %	0 %	25 %	0 %	89898820
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.